Den landslagsmeriterade vänsterbacken från BP skrev på ett fyraårskontrakt med DIF i februari 2016. ”En ung, spännande och modern försvarsspelare som är en duktig ytterback men som även spelat mittback tidigare. Han är snabb, löpstark och har en bra vänsterfot och med de grundförutsättningarna och egenskaperna kan han utvecklas långsiktigt i Djurgården och bli en framtida landslagsback”, sa sportchef Bosse Andersson om Jonathan när han kom till föreningen.

Debutsäsongen blev tyvärr så gott som helt spolierad av skador där Jonathan tog ny sats under 2017 och hann med 8 allsvenska matcher. Under 2018 etablerade sig dock Jonathan i startelvan och var bland annat med och tog DIF till seger i Svenska Cupen.

Under 2019 blev det 16 allsvenska matcher för "Jonis" som avslutade året med att lyfta LJ:s pokal på Östgötaporten.