Stefan Bergtoft kom till Djurgårdens IF 1999 från Spånga IS. Han debuterade i en träningsmatch mot IFK Norrköping 2000 och blev snabbt omtyckt för sin otroliga kämpaglöd och tuffa spelstil. Under Stefans tid i blårandigt skulle skadorna ständigt förfölja honom och det var framför allt två korsbandsskador, 2001 och 2004, som höll honom borta från planen i långa perioder.

Stefan tappade dock aldrig hoppet utan kämpade enträget vidare med sin rehabilitering och återkom till fotbollsplanen med bravur. I hemmaderbyt mot AIK i april 2004 (3-1) var Stefan, med ett mål och två assist, av många ansedd som matchens lirare  och belönades med en egen t-shirt i Djurgårdens souvenirsortiment med texten: ”Bergtoft show 040413”.

I augusti 2006 skrev Stefan Bergtoft på för Brommapojkarna efter sju år och 97 matcher i Djurgården. Djurgårdens klubbdirektör Bo Andersson kommenterade Bergtofts tid i klubben: "Stefan har varit ett föredöme och en fantastisk ambassadör för Djurgården. Han har varit viktig både på och vid sidan av planen."